Молекулярная биология на коленке

Эта заметка получила вдохновение из статьи в журнале Nature - Life Hackers.

Когда-то сфера компьютерных технологий вышла из офисов и НИИ в сферу гаражей. Хайтек стал идти ногами энтузиастов и любителей. Однако, я знаю очень мало примеров, в которых говорилось бы о гаражном достижении, распространившемся во всем мире. Может быть это была Аська. Может еще кое-какая программа. Но я знаю Google и Microsoft, начинавших именно в гаражах.

В вышеуказанной статье журнала Nature идет речь о распространении молекулярно-биологических экспериментальных работ в области таких же любителей, какими были отцы основатели современных гигантов хайтека. Может быть именно они будут какими-нибудь учрежителями будущих биотеков или биотеррористов.

В статье дан список минимального обородуования для оснащения современной лаборатории. Ох, если бы авторы той статьи знали, как живут российские ученые, то их гаражным экспериментаорам пришлось бы позавидовать нашей смекалке и сообразительности.
Ну как вы думаете, чего все это стоит?

1. весы
2. пипетки
3. камера для электрофореза и вспомогательное оборудование
4. морозильная камера
5. автоклав
6. микроцентрифуга
7. инкубатор
8. шейкер
9. пцр-амплификатор
10. водяная баня или термостат
11. спектрофотометр (в УФ и видимой части спектра)
12. вэжх
13. вытяжка

По современным меркам около 100 тыс. долларов. Не мало, но и не так много. Большая часть оборудования может быть куплена в биотехнологических фирмах. Пункты - 1, 2, 5, 6, 8, 9, 11, 12  имеют в конструкции такие детали, которые не возможно купить в простом магазине или воссоздать на слесарном станке. Я не говорю что принципиально не воозможно, я хочу сказать что дляя этого потребуется квалификация. Тогда как морозильник, вытяжка, камера для электрофореза, инкубатор,водяная баня и вытяжка продаются в собранном или в виде конструктора в обычном магазине бытовой техники.

А вот собственно как это будет выглядеть.

from Nature.com

В америке таких лабораторных любителей уже подозревают в возможной причастности к биотерроризму. А их способность создать такую лаборатори вызывает страх у граждан с высокими бдительными наклонностями. Есть прецедент, который закончился плохо. Едва не возник второй прецедент, но его быстро разрулили.

В достаточно известноминтернет-журнале Wired.com тоже есть статья на эту же тему, где описывалась такая лаборатория. Вот ее фото.

from wired.com

Возвращаясь к началу моей заметки, повторюсь, что из гаражного хайтека выросли гиганты. Но эти гиганты стали такими благодаря таланту и работе их руководителей. Большая же часть гаражного хайтека существует и сейчас, но это хайтек с исходным кодом. Многие его энтузиасты не зарабатывают денег и не выходят в крупную игру. Выход разработок компьютерных программ в широкие массы стал возможен благодаря развитию языков программирования и миниатюризации компьютерной техники. Языки высокого уровня позволяют программисту не знать каких-то основ техники и программирования, но он при этом может выдавать результат (таких горе программистов называт еще быдлокодерами). Появление гаражной биотехнологии имеет такие же корни. Оборудование продается в интернет-магазинах. Многие процедуры для клонирования и геномодификации имеют четкие протоколы, которые легко найти в интернете. При чем их даже разбирать не нужно. Почти как динамические библиотеки прорамм (файлы с расширением dll), лежащие на форумах и сайтах. Чтобы сделать трансгенное животное или растение в домашних условиях достаточно иметь много денег, везение и знание, что делать.

Я надеюсь, что в будущеем не появится кличка быдлохимик или быдлогенетик.

Чашка для любителя кофеина

В этом году на новый год я получил такую чашку в подарок.
Я люблю пить кофе из маленьких кофейных чашек.
Рисунок на чашке - самоделка. Выполнен с помощью витражных красок. Мне он очень нравится. И не только мне. Я загрузил фото на другой блог и там несколько людей оставили весьма лестные комментарии.

Защита диссертации

Давно хотел описать как прошла моя защита. Но никак не добирался до печатной машинки. Однако, сегодня вечером, лег спать и тут-то мне не дали заснуть мысли об этой записи.

Итак, те, кто сам проходил защиту или видел как она проходит, могут пропустить этот абзац. Да, я тут опишу процедуру защиты. Пусть описание будет не только в документации на сайте Высшей аттестационной комиссии. Пусть знают все, что защита диссертации это лишь верхушка айсберга, эти два часа не идут ни в какое сравнение с теми делами, которые остаются за кулисами. А защита это, как говорят, - протокол. И ее по большому счету мало кто слушает. Помнится, что в книге одного из любимых писателей - В.Панова был представлен кусок с защиты диссертации главной героини. Я посмеялся, когда читал его. Там описывалось, что к диссертантке прицепились несколько оппонентов и она от них великолепно отбивалась. Я понимаю, что у писателя может не было опыта в этом плане, но он мог бы поговорить с кем-нибудь о самом процессе. Защита есть постановочное выступление всех участников, на ней говорят общие фразы и дежурные речи. Самое интересное как всегда остается за кулисами или, как говорят, в кулуарах. Сначала председатель объявляет начало и дает речь диссертанту, тот сбивчиво или уверенно, а иногда и так, и эдак докладывает суть своей диссертации за двадцать минут. Потом ему задают каверзные и детские вопросы. Почему детские? А на них можно ответить либо да, либо нет, но по правилам надо говорить долго и умно. А почему каверзные? А потому что формулировка у них такая. Лично я на них отвечал так: 1) мы не проверяли эту возможность, потому что она не соответствует тематике работы; 2) или нет, не знаю. Затем начинает речь секретарь. В докладе секретаря описываются документы диссертанта и зачитываются списки лиц приславших отзыв на защиту. Диссертанту никуда не отвертеться и он обязан ответить на все вопросы, указанные секретарем в предыдущем докладе. Естественно, что он уже знает о чем его спрашивают и готов отвечать публике, что он не верблюд. Меня четко проинструктировали перед выступлением, что говорить надо тактично и никому не грубить, видимо за мной это водится. Чего греха таить, водится, помню с самого детства как весь класс за мной гонялся чтобы побить и после уроков поджидал. Затем председатель дает речь научному руководителю. Во время руководителя я честно старался держать ровное лицо, потому что меня, то трогала речь руководителя, то расстраивала, то отвлекали сидящие в зале. Мне даже пальцы большие показывали. Или не мне. Затем секретарь зачитывает отзывы на автореферат и диссертацию от ведущей организации, в которую посылался экземпляр диссертации. Такая вот нелегкая работа у секретаря, говорить много и быстро, не то что у председателя речь давать и заседание до конца довести и паузы заполнять. После зачитывания отзыва мне пришлось снова отдуваться. Такая вот нелегкая сложилась ситуация, что ошибки в диссертации были заметными и их увидели все, пришлось мне отвечать на один и тот же вопрос раза четыре. Два оппонентам, один организации и еще на вопросах после доклада. На втором однотипном вопросе, то есть когда я захотел на него ответить пришла помощь зала - кто-то крикнул, что ладно, это итак понятно. Далее пришла очередь выступать оппонентам. В живую! Известно, что их задача описать о чем диссертация. Вот они по очереди и рассказывали о чем я там написал и наработал что мой руководитель для работы придумал и как я справился или не справился с задачами. Не обошлось без указаний на ошибки и т.д. После каждого выступления я говорил спасибо и отвечал на вопросы. Когда меня уже замучали туда-сюда гонять от стола к трибуне заседатели перешли к дискуссии. Вышло три человека (поочередно) и рассказали, что работа моя им нравится и почему нравится. Затем назначили счетную комиссию, быстренько раздали бюллетени, члены совета проголосовали, комиссия все посчитала и хотела было объявить результат, что я достоин степени. Да не тут-то было, председатель совета снимает с трибуны председателя счетной комиссии и ведет уже обессиленного меня на трибуну и требует сказать последние слова. Это далось мне очень легко, поклон туда, поклон сюда и приходите все на банкет. Тут опять вмешивается председатель и спрашивает, а если голосование против степени, на что я не растерялся и сказал, что будем праздновать еще больше. Наконец счетная комиссия добралась до трибуны и объявила меня кандидатом наук со счетом 18:0. Председатель и совет быстренько утвердили протокол, приняли заключение по диссертационной работе (пишется на основе всех отзывов). И долго трясли мою руку, я полагаю не от радости за меня, а потому что мои в конец окоченевшие пальцы мертвой хваткой вцепились в чужую теплую ладонь и не могли непринужденно расцепиться. В общем так я и стал кандидатом.

Думаю, те кто пропустил предыдущий абзац поступили не верно, так как этот будет не таким интересным. Но здесь то я и раскрою все закулисные тайны. То есть обнажу остальную часть айсберга. Эта защита стоила мне бессонной ночи, я два раза ходил ругаться с соседями, то они ржали как кони в час ночи (даже через беруши слышно было), то дверью хлопнули сильно. Они все отрицали так убедительно, что я даже стал сомневаться в своем здравомыслии. А до защиты я весь месяц туда-сюда бегал по Москве: разослать реферат и диссертации оппонентам, побеседовать с каждым из них, купить еды на банкет, почитать отзывы, обсудить их, продумать ответы и еще по мелочам до фига. В общем занят был очень сильно. Ах да, еще за месяц до защиты я был на свадьбе у брата и вернулся в Москву, чтобы начать организовывать все закулисные тайны. Весь этот месяц до защиты я чувствовал себя как пружина, которую то растягивают сверх меры, то сжимают. Это конечно аллегория, но по сути мне приходилось сидеть и ждать, когда же произойдет какое-то событие или резко собираться и бежать чтобы успеть среагировать на внезапные новости. Известно, что цейтнот выматывает, также известно, что ожидание выматывает не меньше. Теперь я думаю, что все вместе выматывает в десятикратном порядке. А после защиты было оформление и проверка документов, разъезды по инстанциям с диссертацией и документами, расстановки печатей и подписей, рассылки емейлов с благодарностями. То есть дел много было. Наверно была какая-то конкретная напряженка, но я не уверен, что точно вспомню какая именно. А хорошего было то, что родители порадовались, родственники тоже. Руководителю облегчение (еще один диссертант и можно на профессора идти). Она даже сразу после поздравлений приобняла меня и на ушко сказала - молодец. Высшая похвала! Аж сейчас в животе щекотно, при воспоминании. Людей накормил на банкете и сам поел. Заседали за едой хорошо. Народу было много. Как меня предупредили перед защитой, что о том как ты будешь на вопросы отвечать никто не вспомнит, а вот если ты никого не накормишь... Мне еще предлагал другой диссертант объединить усилия и праздновать вместе, но мы подумали в лаборатории и решили, что мы находимся в разных корпусах, дружим редко, ну в общем не надумали. А еще по мелочи - мне подарили пароварку (стоит сейчас в комнате, облегчает мне возню с едой). Я случайно проболтался в лаборатории, что хочу купить себе пароварку. Так они предупредили, что пока не защитишься лучше не покупать. Еще я костюмчик примерил второй раз за год (первый был на свадьбе). Я люблю делать доклады, но выступать перед знакомыми людьми оказалось достаточно нелегко. Когда я начал я два слайда проскочил без внимания. Протараторил текст лежащий в подсознании. Затем начал на одном слайде читать текст и успокоился. После этого защита пошла легко. Правда с меня пот лился градом. А когда я сидел, то стал мерзнуть. Потом уже после защиты меня две недели поздравляли знакомые по работе.

Возможно это еще не все. Но пока что хватит, а то рука устанет листать.

Цитаты из сериалов

Зайку за яйку!
Именно такой фразой на подобие “ешки-матрешки” меня порадовал очередной сериал, который я начал смотреть. “Месть” или “Возмездие” он называется. По английски - “Revenge”.
В “Как я встретил вашу маму” были такие перлы как “Ах, ты ж ёжик!”, “Приоденься!”

Test

почему то не работал гуглотулс для командной строки. Из-за перехода на зимнее время, я полагаю. Сейчас работает.

Звездные войны Джоан Роулинг

Я хочу написать о небольшом, но очень подозрительном факте.

Гарри Поттер и Люк Скайуокер слишком похожи.

1. И тот, и другой выросли, не зная чьими потомками являются.

2. Оба обладают могуществом будь-то магия или сила джедаев.

3. Они изменили мир, котором живут.

Но!

Есть и отличия. Хотя и тот, и другой автор создавал свои произведения для детей в частности, но популярность они приобрели массовую. Являясь персонажами разных авторов, героям приходится жить по разным законам своих миров. Если Роулинг с каждой новой книгой мочила своих персонажей все больше и больше (что может указывать на ее не совсем светлые наклонности), то господин Джордж Лукас верно выдержал линию, где добро погибает и воскресает снова (чем заслужил репутацию добропорядочного сказочника).

Так уж вышло, что популярность приобретают именно такие персонажи. Я не могу судить о том, почему оно так. Только спекулировать, что оба произведения (будем так называть миры созданных Роулинг и Лукасом) играют на каких-то человеческих чувствах. Возможно это подсознательное желание иметь большую власть и силу (по Адлеру), быть потомком высоких и голубоглазых людей (примирение с существованием отца, по Фрейду), самореализоваться (опять по Адлеру), жить так как хочется (Эээ...). И если я прав в своих спекуляциях, то следующее произведение с такими же манипуляциями эмоций и подсознания тоже будет иметь успех.

Оговорюсь, что до них обоих было сотворение мира Толкиена. Этот мир является, на мой неопытный взгляд, обширным местом, где читателю удобно, легко и спокойно. Его персонажи не наделены Силой и не являются колдунами. Однако, детальные описания и реалистичность этого мира позволили людям использовать книгу Толкиена как набор инструкций, чтобы воссоздать нереальную вселенную в реальном мире. Быть этакими дауншифтерами, путем астрального проецирования самих себя в сказочную реальность. Собственно, чего отрицать, что для поклонников произведений Роулинг и Лукаса характерно тоже самое.

Как я резюме писал

Писать резюме это как писать тезисы.
Оформляем шапку документа. Она у всех кандидатов одна.
“Равшан ибн Джамшут. Звонильник и электропочта.”
Во-первых пишем проблему.
“Ищу работу такую-то.”
Затем пишем историю проблемы.
“Был приказчиком в Тъмутаракани. Перевелся по воле князь-кесаря в Кукуево. В течение трех лет служил в приказе с чином и саном. ”
Пишем откуда мы такие умные.
“Стажировка в Кембридже, курсы в Оксфорде. Хромал в Принстон Плейсборо.”
Потом расписываем, что можем на работе.
“Могу работать в коллективе, могу работать один, подхожу к работе творчески, не боюсь рутины и однообразия. Кумекаю по заморскому, толмачу по молодежному.”
И все. А вот что нужно или не нужно в резюме пусть решает работодатель. Может ему нужен как раз такой кандидат, что умеет читать зеркальные слова, еикат ремирпан.